Вместе с сестрами-музыкантами Евгенией и Марией Елена Гнесина явилась учредительницей музыкальной школы в Москве, сыгравшей большую роль в истории музыкальной культуры страны. В 1944 году на ее базе был создан Музыкально-педагогический институт им. Гнесиных с училищем и школой при нем. Бессменный директор института Е. Гнесина вела фортепианный, хоровой и ансамблевые классы, у нее учились пианист Л. Оборин, композитор А. Хачатурян. Она – автор популярной «Фортепианной азбуки», сборника этюдов и пьес для учебных целей.

Деятельность Елены Фабиановны оказала большое влияние на развитие музыкального образования в стране.