Родилась 30 декабря 1864 года в Пскове. Дочь псковского краеведа Ивана Ивановича Василёва.

В 1883 г. Мария Ивановна окончила курс Мариинской псковской женской гимназии и в том же году поступила на Высшие женские курсы в Санкт-Петербурге, где прослушала полный четырёхклассный курс наук на физико-математическом отделении по математическому разряду. В 1887 г. получила свидетельство об окончании курсов и приступила к педагогической практике.