Родился 25 декабря 1914 года в деревне Староселье Куньинского района в семье крестьянина. Окончил четыре класса, работал в колхозе. В Красной армии – с 1936 года. В 1938 году окончил курсы младших лейтенантов.
Участник Советско-финляндской войны 1939–1940 годов. Командовал взводом 359-го стрелкового полка 50-й стрелковой дивизии 13-й армии. 23 февраля 1940 года при штурме укрепленного района противника точно установил местонахождение железобетонных дотов у реки Салменкайта (река Булатная в Выборгском районе Ленинградской области). Вместе с подразделением блокировал два дота и подорвал их. В ночь на 27 февраля участвовал в захвате еще трех дотов. В этом бою погиб.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 7 апреля 1940 года Е. М. Козлову посмертно было присвоено звание Героя Советского Союза.
Литература:
Козлов Ефим Михайлович // Подвиги героев бессмертны / Н. П. Корнеев, О. В. Алексеев. - Псков, 2005. - С. 88-89.