Родился 8 мая 1919 года в деревне Красный Двор Невельского района в семье крестьянина. Окончил семилетку и школу ФЗУ, работал в Нижнем Тагиле. Учился в аэроклубе. В 1940 году поступил в военно-морское авиационное училище.
С начала 1943 года участвует в боях в составе штурмового авиаполка Балтийского флота в должностях летчика-штурмовика, командира звена и эскадрильи. В боях проявил мужество, инициативу и мастерство. К декабрю 1944 года старший лейтенант И. С. Банифатов совершил 101 боевой вылет, потопил девять десантных барж и сторожевой корабль фашистов, уничтожил сотни вражеских солдат, два танка, 24 автомашины, 4 склада с боеприпасами.