Родился в селе Кунино Новоржевского уезда (ныне в Опочецком районе). Семья Яхонтовых состояла в родстве с выдающимся деятелем культуры Н. А. Львовым, поэтами Г. Р. Державиным, В. В. Капнистом, А. М. Бакуниным - отцом революционера М. А. Бакунина. С 1779 года Н. П. Яхонтов жил в Санкт-Петербурге, служил в Преображенском, затем в Измайловском полках. В январе 1784 года в чине капитана был уволен с военной службы. В 1786 году получил место титулярного советника при русском посольстве во Франции. В 1789 - 1790 годах находился в городе Пскове при отце до его кончины.

В сентябре 1793 года окончательно переселился в Псков. Был советником при губернаторе X. Л. Зуеве, затем стал директором Псковского казенного училища, преобразованного в 1808 году в гимназию. Был назначен губернским прокурором, председателем гражданской палаты, избран судьей Псковского суда. В 1807 году вышел в отставку в чине действительного статского советника и поселился в своём сельце Туховике Выбутской волости Псковского уезда, в 20 километрах от Пскова. Здесь одним из первых на Псковской земле стал разводить картофель. С юных лет сочинял музыку. Написал две оперы: «Сильф, или Мечта молодой женщины», «Король и пастух». Похоронен на погосте Устье у стен церкви Николы (ныне Логозовская волость Псковского района).

Литература:

Изюмов, Е. Композитор Яхонтов / Е. Изюмов // Псковская правда. – 1986. – 17 окт.

Русанова, Л. Жизнь и судьба Н. П. Яхонтова / Л. Русанова // Стерх. – 1999. - № 1-б. Прил.: с.6. – (Псковские хроники. - № 4). 

Яхонтов Николай Петрович // Псковская энциклопедия. – Псков, 2003. – С. 852.