Оперный жанр был главным в творчестве Кирилла Молчанова. Среди его произведений – оперы «Ромео, Джульетта и тьма», «Неизвестный солдат», «А зори здесь тихие».  Композитор – автор балетов «Макбет» и «Три карты», которые с успехом шли на многих отечественных сценах. Музыка Молчанова очень мелодична, в ней сочетаются народные традиции и современные ритмы. Ему принадлежат также инструментальные произведения, вокальные циклы на стихи русских и зарубежных поэтов, музыка к драматическим спектаклям и фильмам.