Композитором написано свыше трехсот балетных партитур, среди них наиболее известны в России  - «Эсмеральда», «Дочь фараона», «Корсар», «Конек-Горбунок». Пуни обладал неиссякаемой музыкальной фантазией, широко использовал народные мелодии, хорошо знал специфику танца. В балетах Пуни танцевали А. Павлова, Т. Карсавина, М. Кшесинская, Е. Гельцер, М. Мордкин.