Родился в семье батрака с латышского хутора Ванкайрейбей. Рано стал заниматься революционной работой, несколько лет провел на каторге и в ссылке. С 1915 года Ян Фабрициус участвовал в Первой мировой войне.

В годы Гражданской войны особенно ярко проявился его полководческий талант. В феврале 1918 года, когда кайзеровские войска оккупировали Остров, Псков, рвались к Петрограду, Я. Фабрициус был направлен в Гдовский уезд с небольшим отрядом путиловских рабочих, к которому по пути, благодаря организационному и ораторскому искусству Фабрициуса, присоединились остатки 4-го Копорского полка. Этот отряд в дальнейшем стал основой 490-го Гдовского полка. Смелые и решительные, неожиданные для врага удары полка привели к тому, что к концу февраля были полностью освобождены Гдов и Гдовский уезд. В течение лета и осени Я. Фабрициус занимался организацией боевых ударов Красной Армии. В ноябре 1918 года началось изгнание кайзеровских войск с территории Псковщины.